Часто сайты имеют разный вид и структуру для главной и внутренних страниц, поэтому приходится делать разные шаблоны под них. Что бы сделать в 1с-битрикс два разных шаблона (учитывая что файлы шаблонов уже лежат на своих местах), нужно открыть админку и перейти в Настройки ->Настройки продукта->Сайты->Список сайтов и выбрать нужный. Когда откроете сайт для редактирования прокрутите экран до раздела «Шаблон».
Теперь нужно указать 1 шаблон для внутренних страниц, без условия. И один шаблон для главной (условие «/index.php» тип условия для «Для папки или файла»)